กองบังคับการสืบสวนสอบสวนตำรวจภูธรภาค ๖ เป็นหน่วยราชการระดับ กองบังคับการ สังกัดตำรวจภูธรภาค 6 ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่ง ส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2552 รับผิดชอบบังคับบัญชา ฝ่ายอำนวยการ, กองกำกับการสืบสวน 1–3, กองกำกับการวิเคราะห์ข่าวและเครื่องมือพิเศษ กองกำกับการปฏิบัติการพิเศษ โดยมีพื้นที่รับผิดชอบจังหวัดในภาคเหนือตอนล่าง รวม ๙ จังหวัด คือ กำแพงเพชร, ตาก, นครสวรรค์, พิจิตร, พิษณุโลก, เพชรบูรณ์, สุโขทัย, อุตรดิตถ์และอุทัยธานี มีหัวหน้าหน่วยงานเรียกว่า “ผู้บังคับการ กองบังคับการสืบสวนสอบสวนตำรวจภูธรภาค ๖”

        แต่เดิมเรียกชื่อว่า กองกำกับการตำรวจภูธรเขต 6 กองบังคับการตำรวจภูธรเขต 6 กองบัญชาการตำรวจภูธร มีหัวหน้าหน่วยงานเรียกว่า “ผู้กำกับการตำรวจภูธรเขต 6” มีสถานที่ตั้งของกองกำกับการอยู่บนเนื้อที่ ๑๕ ไร่ ๒ งาน ๖๓ ตารางวา ริมฝั่งแม่น้ำน่าน ถนนบรมไตรโลกนารถ ตำบล ในเมือง อำเภอเมืองพิษณุโลก จังหวัดพิษณุโลก อาคารที่ทำการของกองกำกับการตำรวจภูธรเขต 6 เป็นอาคารเดียวกับ กองบังคับการตำรวจภูธรเขต ๖ โดยมีพลตำรวจเอกประเสริฐ รุจิรวงศ์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย และอธิบดีกรมตำรวจในสมัยนั้นมาเป็นประธานวางศิลาฤกษ์ และเปิดทำการเมื่อวันที่ ๒๘ มกราคม พ.ศ.๒๕๑๐ ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อหน่วยเป็น กองกำกับการ 4 กองบังคับการสืบสวนสอบสวน กองบัญชาการตำรวจภูธรภาค 3 และในปี พ.ศ. ๒๕๑๙ มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการของกรมตำรวจขึ้นมาใหม่ ได้เปลี่ยนชื่อหน่วยเป็นกองกำกับการสืบสวนสอบสวน กองบังคับการตำรวจภูธร 8 รับผิดชอบ พื้นที่ ๕ จังหวัด ได้แก่ พิษณุโลก , พิจิตร , เพชรบูรณ์, สุโขทัย และอุตรดิตถ์

        และเมื่อวันที่ ๒๓ มกราคม พ.ศ.๒๕๓๗ มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ ๒๒ ) พ.ศ. ๒๕๓๖ ปรับโครงสร้างกรมตำรวจ โดยตำรวจภูธรได้ถูกแบ่งใหม่เป็น ๙ ภาค ได้เปลี่ยนชื่อหน่วยงานเป็น กองกำกับการสืบสวนสอบสวนตำรวจภาค 6 รับผิดชอบจังหวัดภาคเหนือตอนล่าง ๙ จังหวัด ได้แก่ กำแพงเพชร, ตาก, นครสวรรค์, พิจิตร, พิษณุโลก, เพชรบูรณ์, สุโขทัย, อุตรดิตถ์ และอุทัยธานี จะเห็นได้ว่า คำว่า “ตำรวจภูธร” ถูกตัดออกไปตั้งแต่ พ.ศ.2537 – 2539 ใช้คำเรียกหน่วยว่า “ตำรวจภาค” แทน ต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวง มหาดไทย พ.ศ.๒๕๓๙ จัดตั้งตำรวจภูธรภาค ๑ – ๙ ขึ้น เมื่อวันที่ ๒๒ ตุลาคม พ.ศ.๒๕๓๙ เรียกหน่วยงานใหม่ว่า “กองกำกับการสืบสวนสอบสวนตำรวจภูธรภาค ๖” มี “ผู้กำกับการ” เป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุดของหน่วยงาน และเมื่อกรมตำรวจเปลี่ยนเป็น “สำนักงานตำรวจแห่งชาติ” ในปี พ.ศ.๒๕๔๑ ชื่อหน่วยงานก็ยังไม่เปลี่ยนแปลงยังคงเรียก “กองกำกับการสืบสวนสอบสวนตำรวจภูธรภาค ๖” เช่นเดิม

        ต่อมาเมื่อ 30 มิถุนายน พ.ศ.2548 ได้มี พระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ สำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2548 และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการเป็น กองบังคับการ หรือส่วนราชการ จึงได้เรียกชื่อหน่วยเป็น ศูนย์สืบสวนสอบสวนตำรวจภูธรภาค 6 รับผิดชอบบังคับบัญชา งานอำนวยการ งานศูนย์ข้อมูลและการข่าว กลุ่มงานสืบสวน กลุ่มงานสวัสดิภาพเด็ก เยาวชน และสตรี และกองกำกับการปฏิบัติการพิเศษ มีหัวหน้าหน่วยงาน เรียกว่า “รองผู้บังคับการ ศูนย์สืบสวนสอบสวนตำรวจภูธรภาค 6” และตาม พระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2552 ได้เปลี่ยนชื่อหน่วยเป็น “กองบังคับการสืบสวนสอบสวนตำรวจภูธรภาค 6” มีหัวหน้าหน่วยงานเรียกว่า “ผู้บังคับการ กองบังคับการสืบสวนสอบสวนตำรวจภูธรภาค 6” จนถึงปัจจุบัน